La rete idrografica del Subasio risulta poco sviluppata sia per la natura carsica del terreno che permette l’assorbimento dell’acqua piovana fino ai terreni impermeabili sia per la struttura rotonda del rilievo. Il fosso delle Carceri, il fosso Roseto e il fosso Renaro scendono dalla parte sud-occidentale. Nella maggior parte dei casi i corsi d’acqua confluiscono nel fiume Tescio e nel torrente Chiona.

Acque sotterranee
Una delle immense ricchezze del Parco è da attribuire alle sorgenti che scorrono su due livelli impermeabili delimitanti i circuiti idrici principali. Il livello superiore è in continua comunicazione con quello inferiore per l’intensa frantumazione della massa rocciosa. In totale sono state censite 35 sorgenti di cui un cospicuo numero con una buona portata. Fonte Bregno (1028 m.) tra Assisi e Spello, Fonte Maddalena (800 m.) sopra Costa Trex, fonte del Brecciaro (lungo la strada per Armenzano), Fonte San Silvestro (vicino al convento S. Silvestro), fonte Bulgarella, S. Giovanni sono solo alcune delle numerose fonti che si possono incontrare nel Parco, alcune risalenti ad epoche anche remote. L’acquedotto di Nocera-Assisi-Perugia viene alimentato con le sorgenti di questo territorio.

Acque minerali e terme di Santo Raggio
Già dai tempi degli antichi Etruschi e dei Romani erano conosciute le proprietà medicamentose di questa acqua che sgorga naturalmente dal colle Moiano (per la presenza di un tempio dedicato a Giano). Le Teme di Santo Raggio anticamente dette ‘Santureggio’ (dal latino Sanctus et regius Fons), si trovano a poche centinaia di metri dal centro di Assisi, precisamente in piazza Giorni n° 6 tel. 075.816.064 (apertura maggio-ottobre solo al mattino). Qui si curano malattie dell'apparato digerente (dispepsie, gastriti ecc.), malattie del fegato e delle vie biliari ( colecistiti),
malattie dell'apparato urinario (calcoli renali ).